Mikroskop je relativně nízkým nástrojem co do postavy a provozu. V kovovém nebo plastovém pouzdře, které používá základnu a stůl, byly uvedeny ve správné vzdálenosti: čočka, okulár, zrcadlo a clona.
Okulár je sada správně vybraných čoček umístěných v kovové trubici, na kterou divák upoutá oko. Čočka je také výběr správně vybraných čoček, které jsou uvedeny v kovové zkumavce, ale mnohem menší, což „vypadá“ na mikroskopický vzorek. Mikroskopický přípravek je kousek biologického materiálu umístěn do kapky vody na pravoúhlém takzvaném původní sklíčko a pokryté tenkým plátkem krycího sklíčka. Takto připravený preparát mikroskopu je namontován na stůl ve světle pohledu na mikroskopickou čočku. Světlo prochází otvorem ve střední části stolu zespodu, který je tam nasměrován pomocí pohyblivého zrcadla umístěného pod stolem. Správně nastavené zrcadlo nasměruje shromážděné horké nebo umělé záření - pokud mikroskop má elektrické osvětlení - do mikroskopického centra. Clona umístěná mezi zrcadlem a preparátem mikroskopu považuje za úkol regulovat množství světla dopadajícího na lék a oko pozorovatele. Zdvižením a spuštěním stolu středem se soustředí příprava. V optickém mikroskopu je celkové zvětšení sledovaného objektu generováno vynásobením zvětšení okuláru zvětšením čočky. Elektronový mikroskop se vyznačuje zcela odlišnou kvalitou, a tím i složitější sítí a provozem. Princip poznámek je zde podobný, až na to, že roli světla udržuje v posledním mikroskopu správně kalibrovaný elektronový paprsek. Příprava přípravku je také velmi nebezpečná. Nejprve je biologický materiál nasměrován do pohodlné pryskyřice. Po zahuštění pryskyřice se tato volba ořízne speciálním mikrotonovým nožem na mnoho tenkých řezů, které se umístí na pohled mikroskopického objektivu. Elektronový mikroskop umožňuje dosáhnout mnohem větších zvětšení důležitých v optických mikroskopech.